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Ingénierie des Systèmes d'Information

Networking and Information Systems
1633-1311
Revue des sciences et technologies de l'information
Nouvel éditeur en 2019
 

 ARTICLE VOL 23/6 - 2018  - pp.73-85  - doi:10.3166/isi.23.6.73-85
TITRE
Opti-SW: un algorithme amélioré d'alignement de séquences de gènes

TITLE
Opti-SW: An improved gene sequence alignment algorithm

RÉSUMÉ
Cet article vise à améliorer la vitesse et la complexité de l'algorithme SmithWaterman (SW). À cet effet, l'algorithme SW a été amélioré en réduisant la complexité et la charge de travail du calcul de la matrice de scoring sans sacrifier la précision de l'alignement. Ensuite, l'algorithme optimisé, noté Opti-SW, a été vérifié par des expérimentations. Les résultats montrent que l’Opti-SW se caractérise par une faible complexité temporelle, une vitesse de calcul rapide et une charge de calcul légère. Les résultats de la recherche ont jeté un nouvel éclairage sur la recherche dans la base de données des séquences de gènes.


ABSTRACT
This paper aims to improve the speed and complexity of Smith-Waterman (SW) algorithm. For this purpose, the SW algorithm was improved by reducing the complexity and task load of the computation of the scoring matrix without sacrificing the alignment accuracy. Then, the optimized algorithm, denoted as the Opti-SW, was verified through experiment. The results show that the Opti-SW boasts low time complexity, fast computing speed and light computing load. The research findings shed new light on the database search for gene sequences.


AUTEUR(S)
Leixiao LI, Jing GAO, Yanfeng LIU

MOTS-CLÉS
alignement de séquences de gènes, algorithme de smith-waterman (SW), optimisation, opti-SW.

KEYWORDS
gene sequence alignment, smith-waterman (SW) algorithm, optimization, opti-SW.

LANGUE DE L'ARTICLE
Anglais

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